可以打开来自不同仪器（Agilent、Bruker、JEOL、Thermo、Waters）以及mzData或mzXML格式的数据；自动或手动对TIC、MS、UV/ELSD进行峰积分；根据TIC峰、是否扣除背景选择质谱，并以centroid或profile模式显示；可以手动添加质谱，也可以在同一文档中打开NMR和MS数据，并同时对其进行分析报告。

       生成给定质量范围或特定m/z值的提取质量/离子色谱图（EMC/EIC）；也可以从DAD trace生成给定波长的UV trace；从PDA总吸光度色谱图中提取选定保留时间的紫外光谱。

       除NMR插件中利用核磁共振数据进行结构确认的许多工具以外,在Mnova MS中的分子匹配功能可以通过LC/GC/MS数据进行结构确认；

       该功能允许用户提出一个或多个分子式，并使用所有预定义的加合物/损失列表预测其质量峰；Mnova MS预测列表中的分子离子峰和同位素峰，并自动将预测峰与实验峰（如果可用）进行匹配；用户可以选择在光谱上显示哪种预测（具有所需加合物或损失）以进行比较。